Η νησίδα Κίκυνθος βρίσκεται στην είσοδο του όρμου της Αμαλιάπολης, Δήμου Αλμυρού, Νομού Μαγνησίας. Ολόκληρη η νησίδα αποτελεί κηρυγμένο αρχαιολογικό χώρο (ΦΕΚ 887/Β/1999), καθώς περιλαμβάνει τον ναό Αγίου Νικολάου του 19ου αι. και κατάλοιπα κατοίκησης από τα πρώιμα παλαιοχριστιανικά χρόνια.

Ο ΕΕΑΧ Κικύνθου καταλαμβάνει θαλάσσια ζώνη γύρω από τη βόρεια και τη δυτική ακτή της νησίδας. Περιλαμβάνει μια αρχαία λιμενική εγκατάσταση, πιθανώς ρωμαϊκής εποχής, και κατάλοιπα ναυσιπλοΐας, με κυριότερο ένα φορτίο βυζαντινών πίθων και αμφορέων που αποδίδεται σε ναυάγιο του 11ου αι. μ.Χ.

Η θέση του ναυαγίου χαρακτηρίζεται από βραχώδη, αλλά ομαλή και σχετικά ήπια κατωφέρεια που σε βάθος -8μ καταλήγει σε ομαλό αμμώδη πυθμένα.
Το ναυάγιο μαρτυρά τη σημασία της Κικύνθου ως σημείου διέλευσης εμπορικών πλοίων κατά τη βυζαντινή περίοδο, όταν οι θαλάσσιοι “δρόμοι” του Παγασητικού Κόλπου συνέδεαν την ενδοχώρα της Μαγνησίας με τα λιμάνια του Αιγαίου.

Το ναυάγιο εντοπίστηκε στο βορειοδυτικό άκρο της νησίδας Κίκυνθος, το 2005, στο πλαίσιο της υποβρύχιας αναγνωριστικής έρευνας του Ινστιτούτου Εναλίων Αρχαιολογικών Ερευνών (Ι.ΕΝ.Α.Ε), και ονομάστηκε συμβατικά «Ναυάγιο 9».

Κατά το προκαταρκτικό στάδιο της έρευνας ολοκληρώθηκε η επιφανειακή αποτύπωση του χώρου, και πραγματοποιήθηκαν δειγματοληπτικές ανελκύσεις ευρημάτων που οδήγησαν σε μια πρώτη χρονολόγηση του ναυαγίου στα τέλη του 11ου αι.

Δεν έχει γίνει ανασκαφική διερεύνηση του ναυαγίου.

Η κύρια συγκέντρωση του ναυαγίου εντοπίζεται πολύ κοντά στη βραχώδη ακτή, σε βάθος από -3 έως -9 μέτρα, και καλύπτει μια έκταση διαστάσεων 8×12 μέτρων, περίπου. Συνίσταται σε θραύσματα μεγάλων αποθηκευτικών πίθων κυρίως, αλλά και εμπορικών  αμφορέων. 

Η κακή κατάσταση διατήρησης του φορτίου οφείλεται κυρίως σε φυσικούς παράγοντες, καθώς το μικρό βάθος και η γειτνίαση με την ακτή το κατέστησαν ευάλωτο στην καταστροφική επίδραση των κυμάτων. Ωστόσο, η πλήρης σχεδόν απουσία ακέραιων αγγείων –μόνο μια μικρή οινοχόη βρέθηκε–  οφείλεται πιθανότατα και σε ανθρώπινες επεμβάσεις, αφού κατά τις μαρτυρίες ντόπιων η θέση είχε γίνει αντικείμενο λαθρανελκύσεων κατά το παρελθόν.

Η θέση του ναυαγίου υποδεικνύει μάλλον μια αποτυχημένη προσπάθεια προσέγγισης του πλοίου στην ακτή.

Η παραπάνω έρευνα έδωσε αρκετά στοιχεία για το φορτίο. Με τα δεδομένα που συλλέχθηκαν, οι μελετητές κατέληξαν με επιφύλαξη σε μία χρονολόγηση του ναυαγίου στο τέλος του 11ου αι. μ.Χ., μια περίοδο κατά την οποία η εμπορική δραστηριότητα στον Παγασητικό κόλπο ήταν ιδιαίτερα έντονη.

Οι πίθοι, με μικρές παραλλαγές ως προς το μέγεθος, ανήκουν στον ίδιο τύπο αποθηκευτικού αγγείου που είναι ήδη γνωστός τον 9ο αι., στις αρχές της Μέσης Βυζαντινής Περιόδου (3η ομάδα πίθων, κατά την κατάταξη του Μπακιρτζή). Η χρήση των αποθηκευτικών πίθων σε πλοία είναι διαπιστωμένη ήδη από την αρχαιότητα και φαίνεται να γενικεύεται κατά τη ρωμαϊκή περίοδο. Οι πίθοι ήταν τοποθετημένοι μόνιμα στα αμπάρια των πλοίων και εκεί αποθηκεύονταν χύδην τα εμπορεύματα είτε στερεά είτε υγρά. Χρησιμοποιούνταν δε κυρίως από πλοιάρια που εκτελούσαν ακτοπλοϊκό εμπόριο.

Οι αμφορείς ανήκουν στη 2η και 5η ομάδα Μαγαρικών κατά Μπακιρτζή, γνωστοί επίσης στη διεθνή βιβλιογραφία ως Günsenin 2 και 3 που χρονολογούνται στον 11ο και 12ο αιώνα μ.Χ. αντίστοιχα.